Οι Άντρες με τα Μαύρα έχουν εξαπλώσει τη δράση τους στον πλανήτη, το ίδιο όμως έχουν κάνει και τα εξωγήινα αποβράσματα. Για να μας προστατεύσουν, ο παρασημοφορημένος Πράκτορας H (Chris Hemsworth) και η αποφασισμένη νεοσύλλεκτη M (Tessa Thompson) ενώνουν τις δυνάμεις τους σε ένα απρόσμενο δίδυμο που μπορεί και να τα καταφέρει. Καθώς έρχονται αντιμέτωποι με μία νέα παγκόσμια απειλή που μπορεί να πάρει τη μορφή του οποιουδήποτε, ακόμα και ενός Άντρα με τα Μαύρα, πρέπει να συνεργαστούν για να σώσουν την οργάνωση και τον ίδιο τον κόσμο.